愛德華和艾爾凡斯兩兄弟小時候為了令母親復活，不惜使用禁忌的鍊金術「人體鍊成」，可惜最後失敗告終，更要付出沉重代價──哥哥愛德華失去了左腳、而弟弟艾爾凡斯則整個人消失了，其後愛德華犧牲自己的右手換回弟弟的靈魂，並將其寄附在金屬鎧甲上。他們為了尋找讓身體回復原狀的方法和「賢者之石」，踏上緊張刺激的冒險旅程。